উপন্যাসের কেন্দ্রীয় চরিত্র হেমচন্দ্র, মগধের রাজপুত্র। মগধ তখন যবনদের দখলে। হেমচন্দ্রের গুরু মাধবাচার্য বিশ্বাস করেন, হেমচন্দ্রই পারেন দেশকে মুক্ত করতে। কিন্তু হেমচন্দ্র গভীর প্রেমে আবদ্ধ মৃণালিনীর সঙ্গে। মাধবাচার্য মনে করেন, প্রেম দেশরক্ষার পথে অন্তরায় হতে পারে। তাই তিনি কৌশলে মৃণালিনীকে গৌড়ে পাঠিয়ে দেন।
মৃণালিনী গৌড়ে গিয়ে বণিক হৃষীকেশের আশ্রয়ে থাকেন। হেমচন্দ্র গৌড়ে এলেও তাঁর মন পড়ে থাকে মৃণালিনীর সন্ধানে। গিরিজায়া নামের এক পথের গায়িকার সহায়তায় তাঁদের মিলন ঘটে। কিন্তু হৃষীকেশের পুত্র ব্যোমকেশ ষড়যন্ত্র করে মৃণালিনীকে অপবাদ দেয়। ফলে মৃণালিনীকে গৃহত্যাগ করতে হয়।
এদিকে মাধবাচার্য হেমচন্দ্রকে ভুল বোঝান যে মৃণালিনী ব্যভিচারিণী। হেমচন্দ্র রাগে মৃণালিনীকে হত্যার শপথ নেন।
গৌড়ের সচিব পশুপতি সিংহাসনের লোভে বখতিয়ার খিলজির সঙ্গে আঁতাত করেন। তাঁর বিশ্বাসঘাতকতার ফলে গৌড় বিনা যুদ্ধে পতিত হয়। নবদ্বীপ লুট, ধ্বংস ও হত্যাযজ্ঞে পরিণত হয়।
এই ভয়াবহ পরিস্থিতিতে হেমচন্দ্র সত্য জানতে পারেন—মৃণালিনী নিষ্কলঙ্ক। তিনি ব্যোমকেশের মুখে সব শুনে অনুতপ্ত হন এবং মৃণালিনীর কাছে ক্ষমা চান।
হেমচন্দ্র জানান যে তাঁরা ইতোমধ্যে মথুরায় বিবাহ করেছেন। মাধবাচার্য তাঁদের আশীর্বাদ করেন। যুদ্ধের ধ্বংসস্তূপের মাঝে প্রেম ও সত্যের জয় ঘটে।