রাজসিংহ উপন্যাসটি আটটি খণ্ড ও একটি উপসংহার অংশে বিন্যস্ত। আটটি খণ্ডের নাম যথাক্রমে “চিত্রে চরণ”, “নন্দনে নরক”, “বিবাহে বিকল্প”, “রন্ধ্রে রন্ধ্রে”, “অগ্নির আয়োজন”, “অগ্নি উৎপাদন”, “অগ্নি জ্বলিল” ও “আগুনে কে কে পুড়িল?” এবং উপসংহার অংশটি “গ্রন্থকারের নিবেদন” নামে নামাঙ্কিত।
অষ্টম খণ্ডে কার ভাগ্যে কী ঘটল তা বর্ণিত হয়েছে। এই খণ্ডের ষোলোটি পরিচ্ছেদের নাম যথাক্রমে “বাদশাহের দহনারম্ভ”, “দাহনে বাদশাহের বড় জ্বালা”, “উদিপুরীর দহনারম্ভ”, “জেব-উন্নিসার দহনারম্ভ”, “অগ্নিতে ইন্ধনক্ষেপ—জ্বালা বাড়িল”, “শাহজাদী ভস্ম হইল”, “দগ্ধ বাদশাহের জলভিক্ষা”, “অগ্নিনির্বাণের পরামর্শ”, “অগ্নিতে জলসেক”, “অগ্নিনির্বাণকালে উদিপুরী ভস্ম”, “অগ্নিকাণ্ডে তৃষিতা চাতকী”, “অগ্নি পুনর্জ্বালিত”, “মবারকের দহনারম্ভ”, “অগ্নির নূতন স্ফুলিঙ্গ”, “মবারক ও দরিয়া ভস্মীভূত” ও “পূর্ণাহুতি—ইষ্টলাভ”।
ঔরঙ্গজেব সংকীর্ণ পার্বত্য পথে বন্দী অবস্থায় ক্ষুধাতৃষ্ণায় কাতর হয়ে যখন শুনলেন যে তাঁর বেগমেরা বন্দী হয়েছেন, তখন রেগে অস্থির হলেন। বন্দী বাদশাহ জ্বালা আর সহ্য করতে না পেরে একমাত্র উপায়স্বরূপ নির্মলকুমারীর শিক্ষিত পায়রাটি উড়িয়ে দিলেন। নির্মলকুমারী উদিপুরীকে চঞ্চলকুমারীর সেবাকার্যে নিযুক্ত করার জন্য জোর করলে গর্বিতা উদিপুরীর অপমানের একশেষ হল। এদিকে রাজসিংহের হাতে বন্দিনী জেব-উন্নিসার হৃদয়ে যখন মবারক-বিরহের তীব্র জ্বালা, তখন তিনি মবারককে সামনে দেখতে পেলেন না। শেষে যখন দেখলেন তখন জেব-উন্নিসার হৃদয়ের জ্বালা আরো বাড়ল। চঞ্চলকুমারী তাঁকে আশ্বাস দিলেন, রাতে মবারকের সঙ্গে তাঁর দেখা করিয়ে দেবেন। মবারককে পেয়ে শাহজাদির সমস্ত গর্ব ধূলিস্যাৎ হয়ে গেল। তিনি মুক্তি পেলে মবারককে বিবাহ করবেন বলে স্থির করলেন। ওদিকে নির্মলকুমারীর পায়রা ঔরঙ্গজেবের চিঠি নিয়ে এল, তাতে ক্ষুধার্ত বাদশাহ তাঁর ইম্লি বেগমের কাছে সাহায্য ভিক্ষা করেছেন। রাজসিংহ মন্ত্রীদের সঙ্গে পরামর্শ করে ঔরঙ্গজেবের সঙ্গে সন্ধি করতে রাজি হলেন। জেব-উন্নিসা ও মবারকের বিবাহে যেন ঔরঙ্গজেব রাগ না করেন, সে ব্যবস্থা করার জন্য রাজসিংহ লিখলেন। রাজসিংহ ঔরঙ্গজেবকে মুক্তি দিলেন, কিন্তু উদিপুরীকে রাজকুমারীর তামাক সাজতেই হল। ঔরঙ্গজেব বিদায় হলে নির্মলকুমারী চঞ্চলকুমারীকে বলল পিতাকে চিঠি লেখার জন্য। এবার তাদের বিয়ের তো কোনো বাধা নেই। চঞ্চলকুমারীর পিতা জানালেন, তিনি দু’ হাজার অশ্বারোহী নিয়ে আসছেন। ঔরঙ্গজেব সন্ধির শর্ত অমান্য করে পুনরায় যুদ্ধের উদ্যম করতে লাগলেন। সেই সঙ্গে মবারককে হত্যারও একটা ব্যবস্থা করলেন। মবারক জেব-উন্নিসাকে গ্রহণ করলেও দরিয়াকে ভুলতে পারেননি। এমন সময় পাগলি দরিয়াকে দেখে বুঝলেন যে, তাঁকে মরতেই হবে। চঞ্চলকুমারীর পিতা বিক্রম সোলাঙ্কি সেনা সমেত রাজসিংহের সাহায্যার্থে এগিয়ে এলেন। মবারকের সাহায্যে আবার মোগল সেনা পরাজিত হল। দরিয়ার গুলিতে মবারক মারা গেলেন। শাহজাদি সাধারণ স্ত্রীলোকের মতোই কান্নায় ভেঙে পড়লেন। যুদ্ধের শেষে চঞ্চলকুমারী ও রাজসিংহের বিবাহ সম্পাদিত হল।
“উপসংহার” অংশে বঙ্কিমচন্দ্র উপন্যাস রচনার উদ্দেশ্য ব্যাখ্যা করেছেন এবং রাজসিংহের বীরত্ব সম্পর্কে কিছু মন্তব্য করেছেন।